Der mittig in einem separaten Spezialrahmen eingesetzte Lüfter im 92mm Format weist als Besonderheit ein Airsplit auf. Damit wird der durchgeleitete Luftrom des Lüfters auch im unteren Bereich zu den elektronischen Bauteilen um den CPU-Sockel geleitet. Zudem hat der Spezialrahmen, welcher von der Lufthaube getrennt ausgeführt ist, Aufnahmebohrungen für einen optional einsetzbaren 80mm Lüfter.

Die Kühlleistung des Square Silent Pro Modells ist bei identischem Lüftersetup und Drehzahl weitgehend gleich stark zum Silent Square mit seinem Blue-LED Lüfter. Lediglich durch die mögliche höhere Drehzahl des verbauten 1,7W Sunon Lüfters ist die Kühlleistung etwas besser. Die Geräuschkulisse ist jedoch auch deutlich höher als beim Silent Square Modell. Entgegen dem Silent Square ist der aktuell verwende Sunon Lüfter des Pro nicht mittels LED-Technik beleuchtet.