Ein großer Teil des Funktionsumfangs ist beiden NAS-Systemen gemein. So lassen sie sich über Samba in Windows-Netzwerke und per AppleTalk in Apple-Netzwerke integrieren. Linux-Netzwerke werden dank NFS-Dienst auch nicht außen vor gelassen. Auf die Dateien, die sich auf dem NAS befinden, lässt sich zudem per Webbrowser plattformunabhängig zugreifen.

Als Dienste stehen zur Verfügung: ein FTP-Server inklusive Verschlüsselung über TSL/SSL, ein Webserver mit MySQL-Datenbank und PHP-Unterstützung sowie SMTP-Server für die Mailzustellungsfunktion von PHP, eine "Multimedia-Station", ein iTunes-Server, ein UPnP-Mediaserver, ein DDNS-Dienst für leicht zu merkende Hostnamen und eine Download-Station.
Letztere sei besonders hervorgehoben da es mit ihr möglich ist, Downloads (z.B. aus dem Internet) über FTP, HTTP und sogar BitTorrent auszuführen. Das ist besonders praktisch, wenn man viel herunterlädt und keine hohe Stromrechnung zahlen möchte oder nachts nicht von lauten Lüftern im Rechner gestört werden will. Über die Download-Software QGet können die Download-Aufträge einfach an eines odere mehrere NAS geschickt werden.

An Extra-Features gegenüber dem Qnap TS-109 bietet das Qnap TS-209 Unterstützung für unterbrechungsfreie Stromversorgungen (USVs), IP-Filter und die Möglichkeit einer externen Annmeldung über SSH. Da letzteres unterstützt wird, fragt man sich, warum beim FTP-Server keine Konfiguration mit SFTP (FTP über SSH) möglich ist, sondern auf FTP mit TLS/SSL zurückgegriffen werden muss. Auf die RAID-Fähigkeiten des Qnap TS-209 wurde weiter oben schon eingangen.