Das Qnap TS-209 Pro unterscheidet sich im Äußeren deutlich vom Qnap TS-109 Pro. Das Gehäuse wird so hingestellt, dass die Festplatten im Inneren waagrecht und nicht senkrecht stehen. Die LEDs tragen andere Symbole und auf der Rückseite fehlt der eSATA-Anschluss. Einerseits logisch, schließlich ist das Gehäuse für zwei Festplatten ausgelegt. Eine weitere externe Platte kann für RAID-1 nicht hinzugezogen werden. Andererseites kann im JBOD (Just a Bunch Of Disks) Betrieb sehr wohl eine weitere externe Platte angeschlossen werden. Dies kann über die USB-Anschlüsse geschehen, die auch für Drucker empfänglich sind. Hier fragt man sich, warum diese Möglichkeit nicht auch über eSATA angeboten wird.

Im Gegensatz zum Qnap TS-109 Pro besitzt das Qnap TS-209 Pro einen aktive Kühlung durch einen Lüfter. Dieser befindet sich auf der Gehäuserückseite und bläst die Abluft aus dem Gehäuse nach außen. Frische Luft kann über zwei Lüftungsgitter an der vorderen Seite in das Gehäuse gelangen. Aufgrund des Lüfters zeigt das Qnap TS-209 Pro ein ständiges Betriebsgeräusch, während das Qnap TS-109 Pro nur zu hören ist, wenn auf die Festplatte zugegriffen wird und beim Startvorgang, wenn die Festplatte anläuft. Das Geräusch des Qnap TS-209 Pro ist deutlich zu hören und vergleichbar mit dem eines leisen Komplett-PCs.