Das Einbauen der Festplatten verläuft beim Qnap TS-209 Pro anders als beim Qnap TS-109 Pro. Im Gehäuse befinden sich zwei Laufwerkshalterungen, die herausgezogen werden. In die Halterungen werden die Festplatten eingebaut und wieder hineingeschoben. Daraufhin wird die Frontplatte mit vier Schrauben befestigt. Bei den Schrauben hätte Qnap besser auf schwarze Exemplare zurückgreifen sollen, die besser ins Gesamtbild gepasst hätten.

Die Initialisierung und Ur-Konfiguration geht genau so wie beim Qnap TS-109 Pro von statten, dauert aber etwas länger, da zwei Festplatten "initialisiert" werden müssen. Will man später das RAID-Level ändern, so verliert man sämtliche gespeicherten Daten. Zudem kann dieser Vorgang viel Zeit in Anspruch nehmen. Bei unserem Setup mit zwei 500 GByte-Festplatten dauerte ein Wechsel von RAID-0 auf RAID-1 mehr als eine Stunde.